La Biblioteca Joanina è la biblioteca più spettacolare del Portogallo e uno dei grandi interni barocchi d'Europa. Fu commissionata da re Giovanni V — pagata con l'oro del Brasile — e costruita tra il 1717 e il 1728 sulla terrazza superiore dell'Università di Coimbra, le cui origini risalgono al 1290, annoverandola tra le più antiche del mondo. Dietro mura spesse oltre due metri, tre sale riccamente decorate si susseguono come le navate di una basilica, fiancheggiate da due piani di scaffalature dorate in esotico legno di jacaranda proveniente dal Brasile, sotto soffitti affrescati e il ritratto del re che la fece edificare. Gli scaffali custodiscono oltre 60.000 volumi rari, stampati tra il XVI e il XVIII secolo, su teologia, diritto, medicina, filosofia e scienze.
La Joanina ha dei guardiani che molte biblioteche invidierebbero: una piccola colonia di pipistrelli che vive nell'edificio ed esce di notte per nutrirsi di falene e altri insetti che altrimenti divorerebbero carta e rilegature. Ogni sera i tavoli di lettura vengono coperti con teli di cuoio per proteggerli, e ogni mattina le coperture vengono rimosse — una routine di conservazione vecchia di 300 anni che funziona ancora. Le mura spesse e una pesante porta di teak mantengono temperatura e umidità sorprendentemente stabili, motivo per cui i libri qui sono sopravvissuti per secoli, mentre altrove intere collezioni sono andate perdute.
Non esiste un biglietto per la sola biblioteca: la Biblioteca Joanina si visita con il biglietto combinato dell'Università di Coimbra, che include il Palazzo Reale (il Paço das Escolas), la dorata Cappella di San Michele e i musei storici dell'università. L'ingresso alla biblioteca avviene in slot rigorosi di 20 minuti per piccoli gruppi, quindi l'orario sul biglietto è quello di accesso; gli altri spazi possono essere esplorati prima, dopo o nell'arco di due giorni. L'intero colle universitario — l'Alta e la Rua da Sofia sottostante — è stato iscritto dall'UNESCO come Patrimonio dell'Umanità nel 2013.